农村自建房在确定户型之后，建筑结构的选择同样非常重要，目前农村住宅常见的结构形式主要包括砖混结构和框架结构，两种结构在受力方式、空间布局、施工方式以及造价方面都有一定区别，不能简单认为哪一种结构一定更好，而应该结合房屋层数、户型需求、地质条件以及当地施工条件进行选择。砖混结构主要依靠墙体和楼板共同承担建筑荷载，整体施工相对成熟，材料获取比较方便，对于普通两层或者三层住宅来说具有较高的应用率。
如果房屋户型比较规整，房间分布明确，后期不需要频繁改变墙体布局，砖混结构能够满足较多农村家庭的居住需求。框架结构则主要依靠柱、梁等构件承担荷载，墙体更多承担围护和分隔作用，因此在户型设计方面更加灵活。对于客厅面积较大、需要大开间、落地窗或者希望后期调整室内空间的住宅，框架结构具有一定优势。对于两层、三层甚至面积较大的农村别墅，还可以根据建筑设计和地质条件选择更加合适的结构体系。基础部分同样不能忽视，房屋基础并不是越深越好，而是需要根据地基承载力、土层情况、地下水以及建筑荷载进行合理设计。
对于回填土、软弱土层或者坡地宅基地，更需要提前了解地质条件，避免直接照搬附近房屋的基础做法。施工过程中，钢筋规格、混凝土强度、柱梁尺寸、墙体砌筑以及楼板施工都应按照设计要求执行，不能为了节省成本随意减少材料。农村自建房在追求外观效果的同时，更应该重视结构安全和长期使用性能。准备建房的家庭可以先确定宅基地条件、房屋层数和家庭人口，再结合实际需求选择结构形式和户型方案，前期规划越充分，后续施工越容易控制，也更有利于建设一套安全、实用、舒适的农村住宅。